《本草纲目》版本颇多，除国外各种全译或节译本外，国内现存约七十二种，大致可分为“一祖三系”，即祖本(金陵本、摄元堂本)及江西本、钱本、张本三个系统。

一、祖本(金陵本、摄元堂本)，明万历二十一年(1593年)金陵胡承龙刻本又称“金陵本”，为该书最早版本，也是经过李氏家族亲自校订过的原始刊本，为后世众多版本之祖本，存世极罕。1590年，南京的藏书家、刻书家胡承龙答应将 《本草纲目》刻版付印。1593年，李时珍去世，享年76岁。而《本草纲目》刻成是在1596年。

二、江西本系统，主要为明万历三十一年(1603年)夏良心、张鼎思刻本等。

三、钱本系统，主要为明崇祯十三年(1640)钱蔚起杭州六有堂刻本，并改绘药图，以及清顺治十二年(1655年)吴毓昌太和堂本，乾隆间《四库全书》本即据此本抄录。

四、张本系统，主要为清光绪十一年(1885年)张绍棠南京味古斋刻本，文字参校江西本、钱本，药图改绘后增加十余幅，并附《本草纲目拾遗》。1957年人民卫生出版社本即据张本影印，晚近通行本为1977年人民卫生出版社出版刘衡如校点本，1993年上海科学技术出版社金陵本影印本。